Vävnads-GPS + storskalig molekylär analys = Sant

Vävnads-GPS + storskalig molekylär analys = Sant

Första gången Sara Ek, professor i immunteknologi, fick höra talas om tekniken spatially resolved transcriptomics blev hon mycket exalterad. Hon förstod direkt att det här var ett viktigt nästa steg både för hennes och många andras forskning. Förra året utsågs tekniken också till årets metod.

– Utveckling inom Life science drivs till stor del av tekniksprång. När jag hörde talas om den här metoden för ungefär tre år sedan, började jag direkt undersöka hur vi skulle kunna implementera den här Lund, säger Sara Ek.

Det tog sin lilla tid men genom stöttning av Lunds universitet och LTH har man nu kunnat starta upp core-faciliten Spatialomics@LU, på Medicon Village. Instrumentet, GeoMx Digital Spatial Profiler, har redan börjat nyttjas både av forskare och en del av de bolag som finns på plats. Lina Olsson är facility manager och har kontakten med kunder som är intresserade av tekniken:

– Det här är en väldigt häftig teknik! För de bolag som jobbar med terapeutiska antikroppar eller där förståelsen för cellers samspel är viktigt finns nu helt nya möjligheter, säger hon.

Universitetet får inte konkurrera med kommersiell verksamhet, men genom det LTH-baserade initiativet ”OpenDoor”, erbjuds förutom forskare inom universitetet, även bolag utanför akademin att få tillgång till unika miljöer, instrument och analyser.

– Det är en interaktion mellan universitetet och näringslivet där man får chansen att vetenskapligt dra nytta av expertis och de här speciella teknikerna, säger Lina Olsson.

Med hjälp av instrumentet spatially resolved transcriptomics tittar man på uttryck av protein eller RNA i en specifik del av en vävnad, till exempel i en tumör. Genom att göra ett tunt vävnadssnitt och märka in provet, kan man mäta ett större antal olika proteiner och RNA och jämföra med frisk vävnad.

– Tidigare har man endast kunnat studera enstaka proteiner samtidigt, så det här sättet att kombinera sekvensering med immunhistokemi blir oerhört kraftfullt. Det är fantastiskt att kunna zooma in på en cell och undersöka 90 olika protein eller upp till 1800 RNA i en och samma visuella analys, säger Sara Ek.

Hennes forskning handlar om lymfom – det vill säga cancersjukdomar som uppstår i kroppens lymfsystem. Genom att jämföra vävnadsprover från hundratals patienter samtidigt, studerar hon samspelet mellan tumörceller och immunceller i mikromiljö för att få mer kunskap om molekylära mekanismer. På det sättet hoppas hon att man redan när patienten diagnosticeras, ska kunna förutspå vilka subtyper som är behandlingsresistenta och kunna utveckla alternativa behandlingar. För sitt senaste forskningsprojekt - som förutsätter GeoMX tekniska möjligheter - har hon erhållit finansiering från Mats Paulssons stiftelse för forskning, innovation och samhällsbyggande samt Stiftelsen Stefan Paulssons cancerfond.

– Ett projekt som detta kostar flera hundra tusen kronor, så det är klart att den externa finansieringen som jag fått är helt avgörande, avslutar Sara Ek.

Mer information och bokning av instrumentet på www.lth.se/spatialomicslu/

 

Text och bild: Åsa Hansdotter

Medicon Village Innovation AB